Sistem Linux je sestavljen iz več plasti, ki gradijo druga na drugi. Ob zagonu strežnika začnejo delovati približno v spodnjem vrstnem redu, zato seznam hkrati pokaže, kaj se zgodi med vklopom in prijavo.
1. Zagonski nalagalnik (bootloader)
Po vklopu računalnika vdelana programska oprema (BIOS ali UEFI) zažene zagonski nalagalnik, v Linuxu skoraj vedno GRUB. Ta naloži v pomnilnik jedro in začasni začetni datotečni sistem (initramfs), ki vsebuje module, potrebne za dostop do diskov. Iz menija GRUB je mogoče sistem zagnati tudi s starejšim jedrom, če so po posodobitvi težave.
2. Jedro
Jedro Linux je srce sistema: neposredno komunicira s strojno opremo, upravlja pomnilnik, procese, datotečne sisteme in omrežje ter prek sistemskih klicev streže programom. Različico tekočega jedra pokaže ukaz uname -r.
3. Sistem init: systemd
Jedro najprej zažene en sam proces (PID 1), ki je odgovoren za zagon drugih storitev. V današnjih distribucijah je to systemd. Ta zažene omrežje, spletni strežnik, podatkovno bazo, strežnik SSH in druge storitve v ozadju (daemone) ter zbira tudi njihove dnevnike. O upravljanju storitev govori naš članek o systemctl.
4. Sistemske knjižnice
Programi ne izvajajo vseh osnovnih funkcij sami, temveč uporabljajo skupne knjižnice. Najpomembnejša je knjižnica C (v večini distribucij glibc), prek katere programi kličejo storitve jedra. Poleg tega na primer OpenSSL skrbi za šifriranje, zlib pa za stiskanje. Varnostna posodobitev knjižnice zato vpliva na vse programe, ki gradijo nanjo.
5. Lupina in osnovni ukazi
Lupina (shell, ukazni tolmač, v Linuxu večinoma bash) sprejema in izvaja vtipkane ukaze. Osnovni ukazi, kot so ls, cp, mv, chmod ali grep, so ločeni programi, večinoma del projekta GNU. Pregled njihove uporabe da članek o osnovnih ukazih Linux.
6. Upravitelj paketov
Nameščanje, posodabljanje in odstranjevanje programov opravlja upravitelj paketov, ki razreši tudi odvisnosti. AlmaLinux, Rocky Linux in CloudLinux uporabljajo ukaz dnf (prej yum), Debian in Ubuntu pa apt. To je ena najbolj opaznih razlik med distribucijami.
7. Zgradba imenikov in konfiguracijske datoteke
Linux vse datoteke razvrsti v eno drevo, ki se začne v korenu /. Najpomembnejši imeniki:
/etc: konfiguracijske datoteke sistema in storitev (na primer/etc/ssh/sshd_config);/var: spremenljivi podatki, na primer dnevniki (/var/log) in pogosto spletne strani (/var/www);/home: domači imeniki uporabnikov, uporabnikrootima/root;/usr: nameščeni programi in knjižnice;/tmp: začasne datoteke.
Nastavitve so skoraj vedno v preprostih besedilnih datotekah, zato jih je mogoče spreminjati z urejevalnikom besedil in jih zlahka varnostno kopirati.
8. Uporabniški programi in grafični vmesnik
Na namiznem računalniku na to gradi grafično okolje (na primer GNOME ali KDE Plasma) in uporabniške aplikacije. Na strežnikih grafičnega vmesnika običajno ni: VPS se upravljajo prek SSH, v ukazni vrstici, zato viri računalnika služijo spletnim stranem in aplikacijam.